Y, sí, ahora, lamentablemente, muchas películas ya vienen con su propia ecualización, no es como antes. No es lo mismo una película de acción que un documental etc y lo mismo vale para la música en cuanto a si es POP, ROCK, CLÁSICA, BLUES, etc.
Lo raro es que no puedas fijar tus preferencias con ese programa ya que la mayoría viene con la opción para que el usuario elija la que más le conviene.
A veces ecualizar es algo más lúdico que otra cosa, es cuestión de ir probando y ver qué te resulta más satisfactorio. Cada programa que hay dando vuelta en internet es un mundo aparte.
A mi me pasó muchas veces seleccionar el programa POP para reproducir recitales (ya sea tanto de discos oficiales como bootleg) antes que ponerme a hacer los balances yo mismo ya que así sonaban mucho mejor, y lo mismo para películas o videos musicales en donde eligiendo, digamos, DEPORTES, y no MÚSICA, se escuchaban mejor.
Fijate si no hay manera de hacer alguna preselección en base a tu gusto en ese programa y si no te resulta del todo satisfactorio no queda otra que ir ecualizando a mano. También fijate si el ecualizador te da la opción de manejar de manera independente cada control, el repoductor Windows Media (yo tengo Windows 7), que es una berretada, lo trae, así que supongo que el tuyo lo debe traer.
Otro programa que te podés bajar y que sirve para Home Theatre es el MPC-HC, supongo que lo conocés (yo lo uso para reproducir todo lo que compro en internet..

), y en la pestaña de audio, en opciones, te da la posibilidad de activar la selección de canales personalizada y ajustar varias cosas.
Espero que te sirva