En el caso de los Windows modificados es precisamente porque utilizan versiones modificadas de archivos del sistema. Sin ir mas lejos, la DLL de los temas de windows (uxtheme.dll creo), debe ser modificada para usar temas creados por terceros.
El SFC es una molestia en este caso, porque pregunta cada vez que se va a cambiar un archivo original de windows por otro modificado.
Si no estas seguro de lo que haces, es mejor dejar la proteccion habilitada, pues muchos virus reemplazan los archivos del sistema.
